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随着蛋白质组学研究的不断深入，智能计算方法已成为蛋白质组学的支撑技术。本书系统地阐述目前蛋白质及其相互作用的主要研究内容，介绍其背景、相关数据、主要计算方法以及软件工具资源。本书的主要内容包括蛋白质三维空间折叠结构预测分析、蛋白质相互作用热点预测、蛋白质相互作用热区预测，以及靶点蛋白-药物相互作用预测等。本书为蛋白质及其相互作用的研究提供了相应的智能演算方法，并指出这些方法在解决生物学问题中的应用策略。

前言

第1章 绪论

1.1 蛋白质与蛋白质组学

1.2 蛋白质的结构与功能

1.2.1 蛋白质的结构层次

1.2.2 蛋白质的功能

1.2.3 蛋白质结构与功能的关系

1.2.4 蛋白质的空间折叠结构

1.3 蛋白质相互作用

1.3.1 蛋白质-蛋白质相互作用结合面的性质

1.3.2 药物-靶点蛋白相互作用

1.4 蛋白质数据库

1.5 生物实验方法

1.5.1 丙氨酸扫描突变实验

1.5.2 洗脱实验

1.5.3 高通量实验方法

1.6 智能计算方法

1.6.1 基于基因信息的方法

1.6.2 基于蛋白质结构信息的方法

1.6.3 基于氨基酸序列信息的方法

第2章 蛋白质三维结构预测分析

2.1 引言

2.2 蛋白质折叠结构优化模型

2.2.1 二维AB非格模型

2.2.2 三维AB非格模型

2.3 基于遗传退火算法的蛋白质折叠结构预测算法

2.3.1 遗传退火算法

2.3.2 算法描述

2.3.3 局部微调遗传退火算法

2.3.4 实验结果与分析

2.4 基于粒子群优化算法的蛋白质折叠结构预测

2.4.1 多种群粒子群优化算法

2.4.2 MPSO算法描述

2.4.3 基于MPSO算法的实验结果

2.4.4 自适应分工粒子群优化算法

2.4.5 自适应分工粒子群优化算法描述

2.4.6 基于自适应分工粒子群优化算法的实验结果

2.5 基于遗传禁忌算法的蛋白质折叠结构预测

2.5.1 禁忌算法

2.5.2 禁忌算法优化

2.5.3 遗传禁忌算法优化策略

2.5.4 实验结果与分析

第3章 蛋白质相互作用热点预测

3.1 引言

3.2 蛋白质热点残基

3.3 热点数据集

3.3.1 数据集的获取与处理

3.3.2 理化结构属性

3.4 特征选择策略

3.4.1 小冗余 相关特征选择方法

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